Modules
		numpy common.database.Sequence astro.util.darma datetime eclipse math os pyfits common.math.statistics

Classes
		astro.main.BaseFrame.BaseFrame(common.database.DataObject.DataObject, astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget) GalPhotModel(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink) GalPhotResidual(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink) GalPhotRegion GalPhotSource astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget(common.database.DBMeta.DBMixin, astro.main.OnTheFly.OnTheFly) GalPhotEllipse(common.database.DBMain.DBObject, astro.main.SourceLink.SourceLink, astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget) astro.main.SourceLink.SourceLink(common.database.DBMeta.DBMixin) GalPhotEllipse(common.database.DBMain.DBObject, astro.main.SourceLink.SourceLink, astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget) GalPhotModel(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink) GalPhotResidual(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink) common.database.DBMain.DBObject(__builtin__.object) GalPhotEllipse(common.database.DBMain.DBObject, astro.main.SourceLink.SourceLink, astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget) GalPhotList GalPhotMask GalPhotCircle GalPhotRectangle GalPhotParameters common.log.Error.Error(exceptions.Exception) GalPhotError   class GalPhotCircle(GalPhotMask)     See GalPhotMask.     Method resolution order: GalPhotCircle GalPhotMask common.database.DBMain.DBObject __builtin__.object Data descriptors defined here: object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established r Radius of circle [pixel] x X position of center of circle [pixel] y Y position of center of circle [pixel] Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. commit(self) Commits object including objects that are referenced and have been changed.   If this object refers to other persistent object a commit() ensures that   1. ALL changes to the object and referred objects are made persistent. 2. NONE of the changed object and referred objects are made persistent. Under normal circumstances only the first thing should ever happen. If the second case occurs it is almost certainly because of some bug in the routine that implements the DBProxy interface. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None   class GalPhotEllipse(common.database.DBMain.DBObject, astro.main.SourceLink.SourceLink, astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget)     This describes one ellipse as calculated by GalPhot. A GalPhotModel consists of a number of GalPhotEllipses     Method resolution order: GalPhotEllipse common.database.DBMain.DBObject astro.main.SourceLink.SourceLink astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget common.database.DBMeta.DBMixin __builtin__.object astro.main.OnTheFly.OnTheFly Methods defined here: get_ellipse_parameters(self) show_ellipse_parameters(self) Data descriptors defined here: GPID Galphot ID [None] GPLID Galphot List identifier [None] SID Source identifier [None] SLID SourceList identifier [None] c1 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] c2 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] c3 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] c4 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] c5 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] c6 The cos(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] creation_date Date this object was created [None] dc1 Error in c1 [None] dc2 Error in c2 [None] dc3 Error in c3 [None] dc4 Error in c4 [None] dc5 Error in c5 [None] dc6 Error in c6 [None] deps Error in eps [None] di Error in i [ADU] dpos Error in pos [None] dr Error in r [pixel] ds Error in s [counts/pixel] ds1 Error in s1 [None] ds2 Error in s2 [None] ds3 Error in s3 [None] ds4 Error in s4 [None] ds5 Error in s5 [None] ds6 Error in s6 [None] dx Error in x [pixel] dy Error in y [pixel] eps The ellipticity of the ellipse, 1-b/a [None] f1 Flag? [None] f2 Flag? [None] f3 Flag? [None] f4 Flag? [None] i Intensity at the ellipse [counts/pixel**2] is_valid Manual/external flag to disqualify bad data (SuperFlag) [None] object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established pos The position angle of the ellipse, measured with respect to the axis y=0, counter clockwise [None] process_status A flag indicating the processing status [None] quality_flags Automatic/internal quality flag [None] r The root of the product of the major & minor axis of the ellipse [pixel] s The slope of the intensity, the derivative of i wrt r [counts/pixel] s1 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] s2 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] s3 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] s4 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] s5 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] s6 The sin(n*theta) term of the residuals along the ellipse [None] x Central x position in the region [pixel] x_orig Central x position in the original image [pixel] y Central y position in the region [pixel] y_orig Central y position in the original image [pixel] Data and other attributes defined here: ORDER_IN_OUTPUT_FILE = ['r', 'dr', 'i', 'di', 's', 'ds', 'x', 'dx', 'y', 'dy', 'eps', 'deps', 'pos', 'dpos', 'f1', 'f2', 'f3', 'f4', 'c1', 'dc1', ...] Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. commit(self) Commits object including objects that are referenced and have been changed.   If this object refers to other persistent object a commit() ensures that   1. ALL changes to the object and referred objects are made persistent. 2. NONE of the changed object and referred objects are made persistent. Under normal circumstances only the first thing should ever happen. If the second case occurs it is almost certainly because of some bug in the routine that implements the DBProxy interface. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None Methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: check_mandatory_dependencies(self) check if all the mandatory dependencies are set check_observing_blocks(self, childs) check if all childs have the same observing_block check_templates(self, childs) check if all childs have the same template compare(self) Quality Control -- basic trend analysis   The compare() method is used for default trend analysis. This is done by comparing with a previous version of the same object (last weeks bias, for example). This may be as simple as comparing attribute values, but may also involve more complex computations (e.g., subtracting the two images, and analysing the residuals) derive_timestamp(self) Set the creation_date attribute get_dependencies(self) Return a list of names of attributes that are required for make() get_qcflags_set(self) Return a list of names of flags that have been set. get_qcflags_set_dict(self) Return a dictionary of flags that have been set.  The key is the name, the value is a tuple of (index, docstring). inspect(self) Quality Control -- visual inspection   Visual inspection of the data remains a powerful tool in quality control. The inspect() method provides the mechanism to record the results of visual inspection for posterity. is_compared(self) Return true if the object has been compared is_inspected(self) Return true if the object has been inspected is_made(self) Return true if the object has been made is_ok(self) Return true if no quality control flags have been set. is_verified(self) Return true if the object has been verified make(self) Construct this object from the provided data.   The make method is expected to produce all data and compute all values associated with this object (i.e.: reduce the data). It is assumed that the object will have a number of dependencies which have to be satisfied. A dependency is assumed to be satisfied if the dependency is not None. In the case that the dependency is itself a ProcessTarget, the dependency should be made.   Use the method get_dependencies() to get a list of attributes on whose values this target depends. set_compared(self) Set the process status to indicate that the object has been compared. set_inspected(self) Set the process status to indicate that the object has been inspected. set_made(self) Set the process tatus to indicate that the object has been made set_process_parameters_from_dict(self, pars={}) pars is a dictionary of the type e.g.: {'BiasFrame.process_params.SIGMA_CLIP':8} set_user_config(self, user_config_dict) Store the user specified configuration (as produced e.g. by the util.Pars tool) in a transient attribute. set_verified(self) Set the process status to indicate that the object has been verified. verify(self) Quality Control -- internal consistency   This method inspects the values of various attributes of the object to see if these are within the expected range for that object. The purpose of this method is mostly to perform sanity-checks on measured results. It is assumed that the required measurements (for example image statistics) are done during data reduction (i.e. while executing make()), and stored in persistent attributes. Class methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: get_qcflags(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Return a list of attribute names of QCflag() objects. is_cal(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being cal, derived raw classes should set _IS_CAL to 1 is_config(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_CONFIG to 1 is_raw(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being raw, derived raw classes should set _IS_RAW to 1 is_science(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being science, derived raw classes should set _IS_SCIENCE to 1 is_seq(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being seq, derived raw classes should set _IS_SEQ to 1 is_support(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_SUPPORT to 1 select(cls, **searchterms) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select RawFrames, Calfiles and ReducedScienceFrames from the database.   Syntax example:   q = RawScienceFrame.select(instrument='WFI', filter='#842',     chip='ccd50', time_from='2000-01-02 04:45:46',     time_to='2000-01-02 05:03:00')   Possible search terms: ---------------------- check_quality  - (Default 1) Exclude invalidated data (quality_flags!=0) check_validity - (Default 1) Exclude invalidated data (is_valid=0) chip        - select of the same CCD ('ccd50', 'ccd51', etc.) date        - select of the same date (i.e. date at the start of               observing night, in yyyy-mm-dd format) exptime     - select frames with similar exposure time               (EXPTIME-0.8sec to EXPTIME+0.8 sec) extension   - select (raw) frames for a certain extension of its               RawFitsData object filename    - select a frame(!) by its filename filter      - select of the same filter ('#842', '#843', etc.) instrument  - select of the same instrument ('WFI', 'WFC', 'OCAM') object      - select for OBJECT header keyword, uses "like"               functionality, which allows wildcards "*" and "?" time_from   - precise form of date, in yyyy-mm-dd hh:mm:ss format time_to     - required when using time_from select_for_raw(cls, raw, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select the most recent valid calfile for the provided raw frame from the database. select_for_reduced(cls, reduced, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Synonym for the select_for_raw method; the implementation should be identical. Data and other attributes inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: PROCESS_TIME = 0 STATUS_COMPARE = 2 STATUS_INSPECT = 3 STATUS_MAKE = 0 STATUS_VERIFY = 1 mandatory_dependencies = () Class methods inherited from common.database.DBMeta.DBMixin: get_persistent_attributes(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return a list of persistent attributes Methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: Flagged(self) Check if any flag is set return 1 for flag is set return 0 no flag after_do_make(self, switches=None) extra make statements, this method can be overridden by OnTheFly classes to implement extra make statements which will be executed after the make of self after_set_onthefly_dependencies(self, switches, advanced) this method is called after the onthefly method set_onthefly_dependencies derived classes can implement this method to customize the dependencies setting after this has been done automatically by onthefly after_uptodate_object(self, dependencies_missing, dependencies_new, dependencies_obsolete) The uptodate_object method determines if the object is uptodate, and will result in three listings :  dependencies_missing - missing mandatory dependencies  dependencies_new - new dependencies  dependencies_obsolete - current dependencies that are obsolete Derived classes can override this method to tweak the listings check_for_mandatory(self, dep_str, dep_new) check if dependency is mandatory and present dep_str is the name of the attribute, dep_new is the (attribute) object get_onthefly_dependencies(self, advanced=None) Method retrieves a list of all dependencies used for on-the-fly processing Return: [dependency, dependency class, dependency name] uptodate(self, date_time=None, template=None, switches=None, advanced=None) This method checks if the object is up-to-date, for the given datetime. OnTheFly_uptodate class has the functionality for checking uptodate Class methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: exist(cls, date_time=None, chip=None, filter=None, object_id=None, parent=None, parent_attr=None, template=None, extra=[], advanced=None, switches=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta for the given parameters and class return the most recent object(s), or None get_onthefly(cls, date_time=None, filter=None, chip=None, object_id=None, advanced=None, switches=None, template=None, parent=None, parent_attr=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta For the given parameters and class get the object, if the object does not exist -> make it. This is done recursively for all dependencies.   The object can only be made if there are raws   class GalPhotError(common.log.Error.Error)       Method resolution order: GalPhotError common.log.Error.Error exceptions.Exception exceptions.BaseException __builtin__.object Methods inherited from common.log.Error.Error: __init__(self, message) __str__(self) Data descriptors inherited from common.log.Error.Error: __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from exceptions.Exception: __new__ = <built-in method __new__ of type object at 0x719220> T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T Methods inherited from exceptions.BaseException: __delattr__(...) x.__delattr__('name') <==> del x.name __getattribute__(...) x.__getattribute__('name') <==> x.name __getitem__(...) x.__getitem__(y) <==> x[y] __getslice__(...) x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]   Use of negative indices is not supported. __reduce__(...) __repr__(...) x.__repr__() <==> repr(x) __setattr__(...) x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value __setstate__(...) Data descriptors inherited from exceptions.BaseException: __dict__ args message exception message   class GalPhotList(common.database.DBMain.DBObject)     The goal of this class is to connect GalPhotModels together, in particular those that have been derived in a single "run". A GalPhotList is derived for a particular SourceList.     Method resolution order: GalPhotList common.database.DBMain.DBObject __builtin__.object Methods defined here: commit(self) make(self) set_creation_date(self) set_unique_identifier(self) The GPLID identifier is used to identify the GalPhotModels that have been derived in a single run and for a single SourceList Data descriptors defined here: GPLID Galphot List identifier [None] SLID SourceList identifier [None] creation_date Date this object was created [None] is_valid Manual/external flag to disqualify bad data (SuperFlag) [None] name Any string specified by user [None] object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established quality_flags Automatic/internal quality flag [None] Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None   class GalPhotMask(common.database.DBMain.DBObject)     GalPhotMask objects are circles (GalPhotCircle) and rectangles (GalPhotRectangle) that can be specified in the "deletion" file used by Galphot. These areas are masked/ignored in the fit.     Method resolution order: GalPhotMask common.database.DBMain.DBObject __builtin__.object Data descriptors defined here: object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. commit(self) Commits object including objects that are referenced and have been changed.   If this object refers to other persistent object a commit() ensures that   1. ALL changes to the object and referred objects are made persistent. 2. NONE of the changed object and referred objects are made persistent. Under normal circumstances only the first thing should ever happen. If the second case occurs it is almost certainly because of some bug in the routine that implements the DBProxy interface. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None   class GalPhotModel(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink)     This is a complete galphot model of a galaxy. It consists of a number of GalPhotEllipses     Method resolution order: GalPhotModel astro.main.BaseFrame.BaseFrame common.database.DataObject.DataObject common.database.DBMain.DBObject astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget astro.main.SourceLink.SourceLink common.database.DBMeta.DBMixin __builtin__.object astro.main.OnTheFly.OnTheFly Methods defined here: __init__(self, pathname='') calculate_D25_26_27(self) Calculate the major axis diameter at 25, 26 and 27 mag/arcsec^2 calculate_central_surface_brightness(self) Calculate average central surface brightness for circular aperture- diameters of 3, 5 and 10 arcsec. Pixels are subdivided in 4 to determine the part of the flux within the circular aperture. calculate_global_parameters(self) This method calculates global parameters derived from the collection of ellipses that consitute the GalPhotModel. Possible parameters of interest include effective radius, Sersic concentration index N, median position angle, median ellipticity etc. calculate_sersic_parameters(self) Perform a fit to the ellipses generated by Galphot, to fit a Sersic profile. check_preconditions(self) clean_up(self) commit(self) copy_astrometry_from_original_frame(self) Keep the astrometry of the original frame and place it in the header of the image created by Galphot. The CRPIX1, CRPIX2 values are updated because the ones from the entire frame (of which we use the astrometry) do not match the cutout. copy_attributes_to_ellipses(self) derive_region_location(self) free_memory(self) get_canonical_name(self) Generate the unique filename for this GalPhotModel. get_fixed_config(self) Return the configuration parameters that are fixed by the class, i.e. overridden in the make method. get_mask(self) get_model(self) Download the model image get_model_parameters(self) Returns a list of dictionaries (one dictionary for each model component) which contain the model parameters of the model. get_residual(self) Get the residual image, which is the science image minus the model   This is essentially get_science() - get_model() get_science(self) Get the image region from the science image get_weight(self) Get the image region from the weight image make(self) make_input_mask_file(self) make_regions(self) make_residual_from_source_frame(self) Subtract the model image from the frame from which the SourceList was derived, create and return a Modified[...]Frame. make_residual_image(self) make_science_region(self) Create and set the transient Regions from the frame associated with the sourcelist and its weight image. make_segmentation_region(self) make_weight_region(self) Create and set the transient Regions from the frame associated with the sourcelist and its weight image. mask_areas_from_neighbours(self) Append GalPhotCircle objects to areas to be masked, based on sources found close to the primary source in the SourceList. mask_areas_from_segmentation_image(self) Use the Sextractor segmentation image stored alongside SourceLists to find pixels attributed to sources other than the primary object, and mask those pixels. mask_areas_from_weight(self) Append GalPhotRectangle objects to areas to be masked, for pixels that have weight 0. read_mask_file(self) The mask file is a text file containing either 3 or 4 numbers per line, describing circles or rectangles respectively. The file read in here should be in units of the pixel positions of the original frame. rename_galphot_output(self) run_galphot(self) System call to galphot set_creation_date(self) set_fixed_process_parameters(self) set_intable_file(self) set_mask(self) set_mask_areas(self) The following areas are masked:   1) (Always) the positions where the weight map is equal to zero 2) (from SExtractor segmentation image)    if process_params.mask_type == 'segmentation':      rectangles for pixels attributed to sources other than the      primary object 3) (from SourceList)    if process_params.mask_type == 'sourcelist':      circles of radius mask_scale*A for objects neighbouring the      primary object 4) Any GalPhotRectangle/GalPhotCircle objects already found in the    mask_areas attribute 5) Any rectangles or circles described in a standard Galphot deletion    file, the filename of which is specified by the user in "mask_file". set_mask_check_file(self) set_model_parameters(self) Read the output file of Galphot, and set the appropriate parameters of the GalPhotModel class. I.e. instantiate one GalPhotEllipse object per line in the output file, and set the object's ellipse parameters accordingly. set_process_parameters_from_dict(self, pars={}) pars is a dictionary of the type e.g.: {'GalPhotModel.process_params.npolres' : 6} set_profile_file(self) set_source(self) Create and set the transient Source attribute based on self.sourcelist and self.SID, the source identifier in the sourcelist. set_sourcelist(self) Query the database for the SLID and set the (transient) sourcelist attribute. set_unique_identifiers(self) The GPID identifier is used to identify the GalPhotEllipse objects that belong to a GalPhotModel object; they will all have the same GPID as the GalPhotModel. set_xpos_ypos(self) show_model_parameters(self) Print all parameters for all components in this GalPhotModel. transform_region_to_frame(self, x, y) use_gpid_in(self) When the attribute "GPID_in" of a GalPhotModel is specified, it will be used as an "intable". In other words: the GalPhotModel identified by GPID_in is used as an initial estimate of the parameters. use_other_as_initial_guess(self, other) Use another GalPhotModel as an initial guess for the present GalPhotModel. This is the equivalent of using "intable" in Galphot. Hence the argument "other" is another GalPhotModel object. write_as_table(self, filename='') Write the GalPhotModel in the form of a (simple ASCII) table. write_input_mask_file(self) Write the objects to be masked to the mask file ("deletion file").   Galphot can read up to three ascii files which contain bad pixel positions. The files must have filenames equal to the science image but with extensions .star, .cosmic, or .del. The files contain descriptions of squares or circles, 4 numbers per line (corners) for the former, and 3 position and radius for the latter. Here only the .del file is written, combining all areas to be masked. Data descriptors defined here: D25 Diameter at which surface brightness is 25mag/arcsec^2 [arcsec] D26 Diameter at which surface brightness is 26mag/arcsec^2 [arcsec] D27 Diameter at which surface brightness is 27mag/arcsec^2 [arcsec] GPID Galphot ID [None] GPID_in Identifier of GalPhotModel to be used as initial estimate (i.e. the "intable") [None] GPLID Galphot List identifier [None] NAXIS1 Length of data in axis 1 [pixel] NAXIS2 Length of data in axis 2 [pixel] SID Source identifier [None] SLID SourceList identifier [None] creation_date Date this object was created [None] dD25 Error in D25 [arcsec] dD26 Error in D26 [arcsec] dD27 Error in D27 [arcsec] dmu10 Error in mu10 [mag / arcsec**2] dmu3 Error in mu3 [mag / arcsec**2] dmu5 Error in mu5 [mag / arcsec**2] ellipses List of ellipses [None] eps Global ellipticity (median of ellipses) [None] filename The name of the associated file [None] globalname The name used to store and retrieve file to and from Storage [None] imstat Image statistics for the frame [None] is_valid Manual/external flag to disqualify bad data (SuperFlag) [None] mask Final mask used (and written as output) by Galphot mu10 Average central surface brightness within 10 arcsec diameter [mag / arcsec**2] mu3 Average central surface brightness within 3 arcsec diameter [mag / arcsec**2] mu5 Average central surface brightness within 5 arcsec diameter [mag / arcsec**2] object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established pos Global position angle (median of ellipses) [None] process_params Processing parameters [None] process_status A flag indicating the processing status [None] quality_flags Automatic/internal quality flag [None] sersic_N Concentration index N of Sersic profile fitted to the ellipses [None] sersic_dN Error in sersic_N [None] sersic_dmu Error in sersic_mu [mag / arcsec**2] sersic_dre Error in sersic_re [arcsec] sersic_mu Surface brightness at the effective radius of Sersic profile fitted to the ellipses [mag / arcsec**2] sersic_re Effective radius of Sersic profile fitted to the ellipses [arcsec] Data and other attributes defined here: PROCESS_TIME = 20 Methods inherited from astro.main.BaseFrame.BaseFrame: build_header(self) Fill a default header with values from descriptors commit_subwinstat(self) Conditionally commit subwindow statistics display(self, viewer='skycat', filename=None) Independent display method for all frames. empty_header(self) Initalize to a default (empty) header estimate_statistics(self, pixmap=None, zone=None, max_iter=5, threshold=5.0) Estimate the mean, median and stddev, by iteratively excluding pixelvalues deviating too far from the median   Arguments:    pixmap     -- optional map for bad pixels (default=None)    zone       -- optional region (x0, y0, x1, y1) (default=None)    max_iter   -- The maximum number of iterations    sig_thresh -- The threshold in number of standard deviations get_previous_version(self, level=0) Return previous version of this object.  If it does not exist, return None.     level: depth of query for previous version (0 goes as deep as          possible) initialize_astrom_attribute(self) initialize_chip_attribute(self) initialize_filter_attribute(self) initialize_imstat_attribute(self) initialize_instrument_attribute(self) initialize_lamp_attribute(self) initialize_observingblock_attribute(self) initialize_template_attribute(self) inspect(self, pixels=None, zone=None, kappa=3.0, iterations=2, cmap=None, vmin=None, vmax=None, interpolation='lanczos', width=6, ratio=None, viewer='skycat', force_figure=False, force_viewer=False, subplot_size=50, contour_levels=20, num_bins=100, extension=None, compare=False, level=0, other=None, clip=False, color=False) Optional visual inspection for quality control displays image in a PyLab (MatPlotLib) window or optionally in an external viewer.           pixels: optional list or array representing the image to be                 inspected (can be MxN for greyscale, or MxNx3 for RGB)           zone: tuple of (x0, y0, x1, y1) representing the image                 coordinates of the two oposing corners of the sub                 image to consider          kappa: the factor by which the dynamic range is increased in                 units of sigma (0 gives full range)     iterations: number of iterations in the kappa-sigma range clipping           cmap: PyLab color map instance           vmin: lower display range in native units (e.g. ADU)           vmax: upper display range in native units (e.g. ADU)  interpolation: type of interpolation the PyLab viewer uses (nearest,                 bilinear, etc.)          width: width of the PyLab figure window (in inches)          ratio: ratio by which to scale the figure height (default:                 x_dim/y_dim)         viewer: external viewer to use in case the image is too large   force_figure: always use the PyLab figure window (Be Careful!                 Statistics calculations on large images can be very                 time and memory consuming.)   force_viewer: always use the viewer   subplot_size: width and height in pixels of region of interest contour_levels: number of contour levels for the contour plot of the                 region of interest       num_bins: number of bins in the histogram plot      extension: extension of the filetype to save plot to (png, ps,                 or eps) None disables saving        compare: compare this frame to its previous version using                 difference imaging (current-previous), pixels is                 ignored          level: depth of query for previous version (0 goes as deep                 as possible) when compare is True          other: a second of the same type of Frame object to replace                 previous when compare is True (if color is True,                 other can be a list of two images)           clip: kappa-sigma clip each image prior to subtraction when                 compare is True          color: use color combining (RGB) instead of differencing                 when compare is True (kappa, vmin/vmax only honored                 when clip is True), this image is R, other is B if                 single, other is [G, B] if it is a list                 (EXPERIMENTAL)   When force_viewer is False, inspect() displays basic image statistics (mean, stddev) and then a representation of the image that can be zoomed and panned.  Pressing various keys will give different results described below in a region of interest described by subplot_size:         q - closes the most recent plot window when pressed in the           main window [space] - displays the X and Y coordinate (FITS standard unit           indexed) and the count level       a - performs aperture photometry on brightest feature in the           region of interest (NOT YET IMPLEMENTED)       c - displays a contour plot of the region of interest (see           contour_levels)       h - displays a histogram of the pixel values of the region of           interest (see num_bins)       r - displays a radial plot of the brightest feature in the           region of interest       s - displays a surface plot of the region of interest       p - displays profile plots in both X and Y dimensions versus           intensity (count level)   NOTE: None of the commands above work in the subplots. is_compressed(self) Find out if a FITS file is compressed load_header(self) Initialize self.header load_image(self, readonly=0) Initialize self.image. make_background(self) Make a background image,   Returns a new BaseFrame object. The name of the new file is "name.back.fits" make_subwinstat(self) Compute statistics on subwindows read_header(self) Read a header into descriptors.   The descriptor is assumed to include a number of all caps attributes that map directly to FITS header keywords. In addition, if any of the following attributes are present, this routine will initialize those attributes.   Initialized attributes: instrument, chip, filter, lamp, imstat, astrom, observing_block, template retrieve(self) Retrieve this frame from the data server and uncompress it if it has been compressed with FITSIO. save(self, filename='', overwrite=1) statistics(self, pixmap=None, zone=None) Compute statistics and store in self.imstat.   Arguments:    pixmap -- optional pixelmap object         (default=None)    zone   -- optional region (x0, y0, x1, y1) (default=None) update_header(self) Update a header with values from descriptors update_history(self) Update a header with history   History is maintained in the instance attribute history. History is written by appending string to the history list. Methods inherited from common.database.DataObject.DataObject: FileName(self) Return the pathame of the object Name(self) Return the name of the object check_mandatory_dependencies(self) check if all the mandatory dependencies are set derive_hash(self) Apply hashing function to the contents of the file that is part of this object.   The SHA hashing function is used to calculate a hash value of the contents of this DataObject. The hash value is returned as a hexadecimal string. distinct(self, param_list) This method returns the distinct values from an input list. The current implementation is kinda cheesy. exists(self) Test is the file existsts get_pathname(self) Getter for pathname is_on_dataserver(self) Checks if file is accessable on the dataserver.   NOTE: A return of False does NOT imply the file is not on any       dataserver!  It is simply not on any accessable       dataserver. is_stored(self) locate(self) See common/net/dataserver_client.py (Data_IO.locate).   Returns a list of strings describing all dataservers where the file is located as well as a few properties of the file, i.e.  ['ip=...,port=...,path=...,size=...,mdate=...,   'ip=...,port=...,path=?,size=?,mdate=?']   Question marks indicate that this dataserver is not reachable. name_insert_suffix(self, suffix) name_replace_suffix(self, suffix) name_with_new_suffix(self, suffix) release(self) set_filename(self, pathname=None, processlevel='') Specify a filename for this DataObject or use the default filename.   This method is used to set the filename attribute of a DataObject. If called without a filename, the filename is set to the canonical name. Classes that are derived from DataObject are expected to define a method get_canonical_name() that returns the name for an instance of that class. This is mandatory for CalFiles (or files that are store()d on the data server) and optional for other files. set_pathname(self, pathname) Setter for pathname set_stored(self) set_user_config(self, pars={}) store(self) store_with_hash_as_name(self, prefix='', suffix='fits') Name the file after the hash value of the file and store it.   First the hash value of the file is calculated. The pathname of the dataobject is renamed to the hash value with the given suffix appended. Then the file is stored. Class methods inherited from common.database.DataObject.DataObject: is_cal(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being cal, derived raw classes should set _IS_CAL to 1 is_config(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_CONFIG to 1 is_raw(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being raw, derived raw classes should set _IS_RAW to 1 is_science(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being science, derived raw classes should set _IS_SCIENCE to 1 is_seq(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being seq, derived raw classes should set _IS_SEQ to 1 is_support(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_SUPPORT to 1 Data descriptors inherited from common.database.DataObject.DataObject: pathname Data and other attributes inherited from common.database.DataObject.DataObject: filepath = './' localname = '' mandatory_dependencies = () storage = <common.net.dataserver_client.Storage at 0x13e1560> Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None Methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: check_observing_blocks(self, childs) check if all childs have the same observing_block check_templates(self, childs) check if all childs have the same template compare(self) Quality Control -- basic trend analysis   The compare() method is used for default trend analysis. This is done by comparing with a previous version of the same object (last weeks bias, for example). This may be as simple as comparing attribute values, but may also involve more complex computations (e.g., subtracting the two images, and analysing the residuals) derive_timestamp(self) Set the creation_date attribute get_dependencies(self) Return a list of names of attributes that are required for make() get_qcflags_set(self) Return a list of names of flags that have been set. get_qcflags_set_dict(self) Return a dictionary of flags that have been set.  The key is the name, the value is a tuple of (index, docstring). is_compared(self) Return true if the object has been compared is_inspected(self) Return true if the object has been inspected is_made(self) Return true if the object has been made is_ok(self) Return true if no quality control flags have been set. is_verified(self) Return true if the object has been verified set_compared(self) Set the process status to indicate that the object has been compared. set_inspected(self) Set the process status to indicate that the object has been inspected. set_made(self) Set the process tatus to indicate that the object has been made set_verified(self) Set the process status to indicate that the object has been verified. verify(self) Quality Control -- internal consistency   This method inspects the values of various attributes of the object to see if these are within the expected range for that object. The purpose of this method is mostly to perform sanity-checks on measured results. It is assumed that the required measurements (for example image statistics) are done during data reduction (i.e. while executing make()), and stored in persistent attributes. Class methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: get_qcflags(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Return a list of attribute names of QCflag() objects. select(cls, **searchterms) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select RawFrames, Calfiles and ReducedScienceFrames from the database.   Syntax example:   q = RawScienceFrame.select(instrument='WFI', filter='#842',     chip='ccd50', time_from='2000-01-02 04:45:46',     time_to='2000-01-02 05:03:00')   Possible search terms: ---------------------- check_quality  - (Default 1) Exclude invalidated data (quality_flags!=0) check_validity - (Default 1) Exclude invalidated data (is_valid=0) chip        - select of the same CCD ('ccd50', 'ccd51', etc.) date        - select of the same date (i.e. date at the start of               observing night, in yyyy-mm-dd format) exptime     - select frames with similar exposure time               (EXPTIME-0.8sec to EXPTIME+0.8 sec) extension   - select (raw) frames for a certain extension of its               RawFitsData object filename    - select a frame(!) by its filename filter      - select of the same filter ('#842', '#843', etc.) instrument  - select of the same instrument ('WFI', 'WFC', 'OCAM') object      - select for OBJECT header keyword, uses "like"               functionality, which allows wildcards "*" and "?" time_from   - precise form of date, in yyyy-mm-dd hh:mm:ss format time_to     - required when using time_from select_for_raw(cls, raw, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select the most recent valid calfile for the provided raw frame from the database. select_for_reduced(cls, reduced, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Synonym for the select_for_raw method; the implementation should be identical. Data and other attributes inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: STATUS_COMPARE = 2 STATUS_INSPECT = 3 STATUS_MAKE = 0 STATUS_VERIFY = 1 Class methods inherited from common.database.DBMeta.DBMixin: get_persistent_attributes(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return a list of persistent attributes Methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: Flagged(self) Check if any flag is set return 1 for flag is set return 0 no flag after_do_make(self, switches=None) extra make statements, this method can be overridden by OnTheFly classes to implement extra make statements which will be executed after the make of self after_set_onthefly_dependencies(self, switches, advanced) this method is called after the onthefly method set_onthefly_dependencies derived classes can implement this method to customize the dependencies setting after this has been done automatically by onthefly after_uptodate_object(self, dependencies_missing, dependencies_new, dependencies_obsolete) The uptodate_object method determines if the object is uptodate, and will result in three listings :  dependencies_missing - missing mandatory dependencies  dependencies_new - new dependencies  dependencies_obsolete - current dependencies that are obsolete Derived classes can override this method to tweak the listings check_for_mandatory(self, dep_str, dep_new) check if dependency is mandatory and present dep_str is the name of the attribute, dep_new is the (attribute) object get_onthefly_dependencies(self, advanced=None) Method retrieves a list of all dependencies used for on-the-fly processing Return: [dependency, dependency class, dependency name] uptodate(self, date_time=None, template=None, switches=None, advanced=None) This method checks if the object is up-to-date, for the given datetime. OnTheFly_uptodate class has the functionality for checking uptodate Class methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: exist(cls, date_time=None, chip=None, filter=None, object_id=None, parent=None, parent_attr=None, template=None, extra=[], advanced=None, switches=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta for the given parameters and class return the most recent object(s), or None get_onthefly(cls, date_time=None, filter=None, chip=None, object_id=None, advanced=None, switches=None, template=None, parent=None, parent_attr=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta For the given parameters and class get the object, if the object does not exist -> make it. This is done recursively for all dependencies.   The object can only be made if there are raws   class GalPhotParameters(common.database.DBMain.DBObject)     Parameters used by Galphot; in the IRAF version these are the parameters that are shown when using the "epar ellipfit" command.   In addition the following parameters are added: xpos, ypos:   the (galaxy) position normally specified in the ".pos" file region_xmin, region_xmax, region_ymin, region_ymax:   these determine which region of the frame from which the SourceList   was derived is used as input for Galphot, automatically determined   based on the position of the modelled source region_scale:   scale factor determining region_xmin etc. mask_areas:   the circles (GalPhotCircle objects) and rectangles (GalPhotRectangle   objects) to be masked, normally found in a ".del" (deletion) file mask_type:   switch to use Sourcelist ("sourcelist"), Segmentation image   ("segmentation") or neither ("") for masking neighbours mask_scale:   scale factor to apply to semi-major axis of neighbours while masking     Method resolution order: GalPhotParameters common.database.DBMain.DBObject __builtin__.object Methods defined here: set_from_dict(self, dictionary) to_config_file_as_dict(self) write_configuration_file(self, filename='prof.par') Data descriptors defined here: cliphigh Fraction of points to clip at high end [None] cliplow Fraction of points to clip at low end [None] dangmax Maximum change in position angle per iteration [None] debug Debug verbosity parameter [None] dellmax Maximum change in ellipticity per iteration [None] dposmax Maximum change in center per iteration [pixel] errcen Used when rcen=0. The maximum radius for which err(1nd har) < errcen is used as the maximum radius for changing the centers [None] errshap Used when rshap=0. The maximum radius for which err(2nd har) < errshap is used as the maximum radius for fitting. [None] extend Extend radial interval after fit [None] fracmin Minimum fraction of good points along the ellipse [None] hmax Maximum order of the harmonics term residuals [None] iter1 Number of iterations without calculating model-residuals [None] iter2 Number of iterations including calculating model-residuals [None] linear Linear scaling switch [None] mask_areas List of GalPhotCircle and/or GalPhotRectangle objects, which define areas to be masked [None] mask_scale Used when mask_type="sourcelist". Scale factor to apply to semi-major axis of neighbours while defining a GalPhotCircle mask [None] mask_type Switch to use Sourcelist ("sourcelist"), Segmentation image ("segmentation") or neither ("") for masking neighbours [None] ngal Number of galaxies to model, fixed to 1 [None] npolres Order in interpolation in intensity [None] nsammax Maximum number of samples along the ellipse [None] object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established outfill Calculate residual outside of galaxy [None] r1 Maximum radius for single annulus sampling [pixel] r2 Maximum radius for multiple annulus sampling [pixel] radfac Radial scaling factor [None] rcen All ellipses with r > rcen have their centers fixed [pixel] region_scale Factor which determines the size of the region, as a function of the source Sextractor parameter Reff [None] region_xmax Maximum x-coordinate of cutout region in larger frame [pixel] region_xmin Minimum x-coordinate of cutout region in larger frame [pixel] region_ymax Maximum y-coordinate of cutout region in larger frame [pixel] region_ymin Minimum y-coordinate of cutout region in larger frame [pixel] rmax Maximum radius for fit. rmax=0 means fit until ellipses drop completely off the image [pixel] rmin Minimum radius for fit [pixel] rshap Maximum radius for modifying ellipticity and PA [pixel] xpos X-position (in original image) of galaxy to model [pixel] ypos Y-position (in original image) of galaxy to model [pixel] Data and other attributes defined here: TO_CONFIG_FILE = ['iter1', 'iter2', 'hmax', 'nsammax', 'debug', 'npolres', 'rmin', 'rmax', 'radfac', 'rshap', 'rcen', 'errshap', 'errcen', 'dposmax', 'dellmax', 'dangmax', 'r1', 'r2', 'fracmin', 'cliplow', ...] Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. commit(self) Commits object including objects that are referenced and have been changed.   If this object refers to other persistent object a commit() ensures that   1. ALL changes to the object and referred objects are made persistent. 2. NONE of the changed object and referred objects are made persistent. Under normal circumstances only the first thing should ever happen. If the second case occurs it is almost certainly because of some bug in the routine that implements the DBProxy interface. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None   class GalPhotRectangle(GalPhotMask)     See GalPhotMask.     Method resolution order: GalPhotRectangle GalPhotMask common.database.DBMain.DBObject __builtin__.object Data descriptors defined here: object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established xmax Maximum x value of rectangle [pixel] xmin Minimum x value of rectangle [pixel] ymax Maximum y value of rectangle [pixel] ymin Minimum y value of rectangle [pixel] Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. commit(self) Commits object including objects that are referenced and have been changed.   If this object refers to other persistent object a commit() ensures that   1. ALL changes to the object and referred objects are made persistent. 2. NONE of the changed object and referred objects are made persistent. Under normal circumstances only the first thing should ever happen. If the second case occurs it is almost certainly because of some bug in the routine that implements the DBProxy interface. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None   class GalPhotRegion     A region of a larger frame     Methods defined here: __init__(self) check_dimensions(self) fetch_from_dataserver(self) get_from_imageserver(self) make(self) rename_region(self) set_pixel_shifts_from_original(self) Differences between CRPIX1, CRPIX2 of the frame and cutout:   x_orig = x_cutout + shift_x y_orig = y_cutout + shift_y   class GalPhotResidual(astro.main.BaseFrame.BaseFrame, astro.main.SourceLink.SourceLink)     Class used to persistently store the residual of a GalPhotModel and the frame it was derived from.     Method resolution order: GalPhotResidual astro.main.BaseFrame.BaseFrame common.database.DataObject.DataObject common.database.DBMain.DBObject astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget astro.main.SourceLink.SourceLink common.database.DBMeta.DBMixin __builtin__.object astro.main.OnTheFly.OnTheFly Methods defined here: commit(self) copy_attributes(self) make(self) set_creation_date(self) set_filename(self) set_model(self, model) Data descriptors defined here: GPID Galphot ID [None] GPLID Galphot List identifier [None] NAXIS1 Length of data in axis 1 [pixel] NAXIS2 Length of data in axis 2 [pixel] SID Source identifier [None] SLID SourceList identifier [None] creation_date Date this object was created [None] filename The name of the associated file [None] globalname The name used to store and retrieve file to and from Storage [None] imstat Image statistics for the frame [None] is_valid Manual/external flag to disqualify bad data (SuperFlag) [None] object_id The object identifier   The object identifier is an attribute shared by all persistent instances. It is the prime key, by which object identity is established process_status A flag indicating the processing status [None] quality_flags Automatic/internal quality flag [None] Methods inherited from astro.main.BaseFrame.BaseFrame: __init__(self, **kw) build_header(self) Fill a default header with values from descriptors commit_subwinstat(self) Conditionally commit subwindow statistics display(self, viewer='skycat', filename=None) Independent display method for all frames. empty_header(self) Initalize to a default (empty) header estimate_statistics(self, pixmap=None, zone=None, max_iter=5, threshold=5.0) Estimate the mean, median and stddev, by iteratively excluding pixelvalues deviating too far from the median   Arguments:    pixmap     -- optional map for bad pixels (default=None)    zone       -- optional region (x0, y0, x1, y1) (default=None)    max_iter   -- The maximum number of iterations    sig_thresh -- The threshold in number of standard deviations get_previous_version(self, level=0) Return previous version of this object.  If it does not exist, return None.     level: depth of query for previous version (0 goes as deep as          possible) initialize_astrom_attribute(self) initialize_chip_attribute(self) initialize_filter_attribute(self) initialize_imstat_attribute(self) initialize_instrument_attribute(self) initialize_lamp_attribute(self) initialize_observingblock_attribute(self) initialize_template_attribute(self) inspect(self, pixels=None, zone=None, kappa=3.0, iterations=2, cmap=None, vmin=None, vmax=None, interpolation='lanczos', width=6, ratio=None, viewer='skycat', force_figure=False, force_viewer=False, subplot_size=50, contour_levels=20, num_bins=100, extension=None, compare=False, level=0, other=None, clip=False, color=False) Optional visual inspection for quality control displays image in a PyLab (MatPlotLib) window or optionally in an external viewer.           pixels: optional list or array representing the image to be                 inspected (can be MxN for greyscale, or MxNx3 for RGB)           zone: tuple of (x0, y0, x1, y1) representing the image                 coordinates of the two oposing corners of the sub                 image to consider          kappa: the factor by which the dynamic range is increased in                 units of sigma (0 gives full range)     iterations: number of iterations in the kappa-sigma range clipping           cmap: PyLab color map instance           vmin: lower display range in native units (e.g. ADU)           vmax: upper display range in native units (e.g. ADU)  interpolation: type of interpolation the PyLab viewer uses (nearest,                 bilinear, etc.)          width: width of the PyLab figure window (in inches)          ratio: ratio by which to scale the figure height (default:                 x_dim/y_dim)         viewer: external viewer to use in case the image is too large   force_figure: always use the PyLab figure window (Be Careful!                 Statistics calculations on large images can be very                 time and memory consuming.)   force_viewer: always use the viewer   subplot_size: width and height in pixels of region of interest contour_levels: number of contour levels for the contour plot of the                 region of interest       num_bins: number of bins in the histogram plot      extension: extension of the filetype to save plot to (png, ps,                 or eps) None disables saving        compare: compare this frame to its previous version using                 difference imaging (current-previous), pixels is                 ignored          level: depth of query for previous version (0 goes as deep                 as possible) when compare is True          other: a second of the same type of Frame object to replace                 previous when compare is True (if color is True,                 other can be a list of two images)           clip: kappa-sigma clip each image prior to subtraction when                 compare is True          color: use color combining (RGB) instead of differencing                 when compare is True (kappa, vmin/vmax only honored                 when clip is True), this image is R, other is B if                 single, other is [G, B] if it is a list                 (EXPERIMENTAL)   When force_viewer is False, inspect() displays basic image statistics (mean, stddev) and then a representation of the image that can be zoomed and panned.  Pressing various keys will give different results described below in a region of interest described by subplot_size:         q - closes the most recent plot window when pressed in the           main window [space] - displays the X and Y coordinate (FITS standard unit           indexed) and the count level       a - performs aperture photometry on brightest feature in the           region of interest (NOT YET IMPLEMENTED)       c - displays a contour plot of the region of interest (see           contour_levels)       h - displays a histogram of the pixel values of the region of           interest (see num_bins)       r - displays a radial plot of the brightest feature in the           region of interest       s - displays a surface plot of the region of interest       p - displays profile plots in both X and Y dimensions versus           intensity (count level)   NOTE: None of the commands above work in the subplots. is_compressed(self) Find out if a FITS file is compressed load_header(self) Initialize self.header load_image(self, readonly=0) Initialize self.image. make_background(self) Make a background image,   Returns a new BaseFrame object. The name of the new file is "name.back.fits" make_subwinstat(self) Compute statistics on subwindows read_header(self) Read a header into descriptors.   The descriptor is assumed to include a number of all caps attributes that map directly to FITS header keywords. In addition, if any of the following attributes are present, this routine will initialize those attributes.   Initialized attributes: instrument, chip, filter, lamp, imstat, astrom, observing_block, template retrieve(self) Retrieve this frame from the data server and uncompress it if it has been compressed with FITSIO. save(self, filename='', overwrite=1) statistics(self, pixmap=None, zone=None) Compute statistics and store in self.imstat.   Arguments:    pixmap -- optional pixelmap object         (default=None)    zone   -- optional region (x0, y0, x1, y1) (default=None) update_header(self) Update a header with values from descriptors update_history(self) Update a header with history   History is maintained in the instance attribute history. History is written by appending string to the history list. Methods inherited from common.database.DataObject.DataObject: FileName(self) Return the pathame of the object Name(self) Return the name of the object check_mandatory_dependencies(self) check if all the mandatory dependencies are set derive_hash(self) Apply hashing function to the contents of the file that is part of this object.   The SHA hashing function is used to calculate a hash value of the contents of this DataObject. The hash value is returned as a hexadecimal string. distinct(self, param_list) This method returns the distinct values from an input list. The current implementation is kinda cheesy. exists(self) Test is the file existsts get_canonical_name(self, processlevel='') The canonical name of a DataObject. get_pathname(self) Getter for pathname is_on_dataserver(self) Checks if file is accessable on the dataserver.   NOTE: A return of False does NOT imply the file is not on any       dataserver!  It is simply not on any accessable       dataserver. is_stored(self) locate(self) See common/net/dataserver_client.py (Data_IO.locate).   Returns a list of strings describing all dataservers where the file is located as well as a few properties of the file, i.e.  ['ip=...,port=...,path=...,size=...,mdate=...,   'ip=...,port=...,path=?,size=?,mdate=?']   Question marks indicate that this dataserver is not reachable. name_insert_suffix(self, suffix) name_replace_suffix(self, suffix) name_with_new_suffix(self, suffix) release(self) set_pathname(self, pathname) Setter for pathname set_process_parameters_from_dict(self, pars={}) pars is a dictionary of the type e.g.: {'BiasFrame.process_params.SIGMA_CLIP':8} set_stored(self) set_user_config(self, pars={}) store(self) store_with_hash_as_name(self, prefix='', suffix='fits') Name the file after the hash value of the file and store it.   First the hash value of the file is calculated. The pathname of the dataobject is renamed to the hash value with the given suffix appended. Then the file is stored. Class methods inherited from common.database.DataObject.DataObject: is_cal(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being cal, derived raw classes should set _IS_CAL to 1 is_config(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_CONFIG to 1 is_raw(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being raw, derived raw classes should set _IS_RAW to 1 is_science(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being science, derived raw classes should set _IS_SCIENCE to 1 is_seq(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being seq, derived raw classes should set _IS_SEQ to 1 is_support(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Test for being config, derived raw classes should set _IS_SUPPORT to 1 Data descriptors inherited from common.database.DataObject.DataObject: pathname Data and other attributes inherited from common.database.DataObject.DataObject: filepath = './' localname = '' mandatory_dependencies = () storage = <common.net.dataserver_client.Storage at 0x13e1560> Methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: __del__(self) Destructor for the DBObject   This destructor is called by the garbage collector for the transient part of the DBObject. When it is called it calls the gc_transient() method of the DBProxy implementation. The implementation of the gc_transient() method can then decide what to do with the persistent counterpart. E.g. the database can be synchronized with its transient counterpart. Another possibility is that the gc_transient() implementation checks whether any attributes of a read-only object have changed since an object was fetched from the database. If there are differences an exception can be raised. __reduce__(self) Method necessary to create picklable objects   This mehod return a tuple containg a function object used for unpickling and a picklable state tuple, to be used as argument to the unpickle function. If necessary this object is registered in the pickle cache as_dict(self, seqnr=1, dependency_name='', dictionary={}, allow_lazy_typed_list=False) Method much like the info method, but returns a dictionary.   Dictionary looks like:   {'<classname>.<property1_name>.<property2_name>': value,    '<classname>.<property2_name>.<property3_name>': value}   Problem: infinite loops for cold/flat dependencies. It seems a maximum recursion depth limits the problem. get_creator(self) Returns the name of the user who created this object. get_persistent(self) get_project(self) Returns the name of the project to which this object belongs. info(self, level=0, doc=False, _indent=0, _printclass=True) Print the values of all persistent properties of the object.   level       : level of introspection doc         : display docstrings for attributes _indent     : internal parameter used for formatting _printclass : internal parameter used for formatting inverse_objects(self, max_results=100) Iterate through and return all objects that use the current object max_results     The maximum number of objects returned per query inverse_query(self) go through all inverse properties to see if this object is used persists(self) Returns whether an object is already made persistent or transient. recommit(self) Commits changes to an object, without following links. Class methods inherited from common.database.DBMain.DBObject: get_inverse_properties(cls, props=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return all inverse properties  that are all the properties that point to this class Data descriptors inherited from common.database.DBMain.DBObject: __dict__ dictionary for instance variables (if defined) __weakref__ list of weak references to the object (if defined) Data and other attributes inherited from common.database.DBMain.DBObject: __metaclass__ = <class 'common.database.DBMeta.DBObjectMeta'> This is the metaclass for persistent classes   Provides:   __new__ -- manages class construction   __call__ -- manages object instantiation database = <common.database.DBOracle.DBProxy instance at 0x2aaab633a170> pickle_id = None Methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: check_observing_blocks(self, childs) check if all childs have the same observing_block check_templates(self, childs) check if all childs have the same template compare(self) Quality Control -- basic trend analysis   The compare() method is used for default trend analysis. This is done by comparing with a previous version of the same object (last weeks bias, for example). This may be as simple as comparing attribute values, but may also involve more complex computations (e.g., subtracting the two images, and analysing the residuals) derive_timestamp(self) Set the creation_date attribute get_dependencies(self) Return a list of names of attributes that are required for make() get_qcflags_set(self) Return a list of names of flags that have been set. get_qcflags_set_dict(self) Return a dictionary of flags that have been set.  The key is the name, the value is a tuple of (index, docstring). is_compared(self) Return true if the object has been compared is_inspected(self) Return true if the object has been inspected is_made(self) Return true if the object has been made is_ok(self) Return true if no quality control flags have been set. is_verified(self) Return true if the object has been verified set_compared(self) Set the process status to indicate that the object has been compared. set_inspected(self) Set the process status to indicate that the object has been inspected. set_made(self) Set the process tatus to indicate that the object has been made set_verified(self) Set the process status to indicate that the object has been verified. verify(self) Quality Control -- internal consistency   This method inspects the values of various attributes of the object to see if these are within the expected range for that object. The purpose of this method is mostly to perform sanity-checks on measured results. It is assumed that the required measurements (for example image statistics) are done during data reduction (i.e. while executing make()), and stored in persistent attributes. Class methods inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: get_qcflags(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Return a list of attribute names of QCflag() objects. select(cls, **searchterms) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select RawFrames, Calfiles and ReducedScienceFrames from the database.   Syntax example:   q = RawScienceFrame.select(instrument='WFI', filter='#842',     chip='ccd50', time_from='2000-01-02 04:45:46',     time_to='2000-01-02 05:03:00')   Possible search terms: ---------------------- check_quality  - (Default 1) Exclude invalidated data (quality_flags!=0) check_validity - (Default 1) Exclude invalidated data (is_valid=0) chip        - select of the same CCD ('ccd50', 'ccd51', etc.) date        - select of the same date (i.e. date at the start of               observing night, in yyyy-mm-dd format) exptime     - select frames with similar exposure time               (EXPTIME-0.8sec to EXPTIME+0.8 sec) extension   - select (raw) frames for a certain extension of its               RawFitsData object filename    - select a frame(!) by its filename filter      - select of the same filter ('#842', '#843', etc.) instrument  - select of the same instrument ('WFI', 'WFC', 'OCAM') object      - select for OBJECT header keyword, uses "like"               functionality, which allows wildcards "*" and "?" time_from   - precise form of date, in yyyy-mm-dd hh:mm:ss format time_to     - required when using time_from select_for_raw(cls, raw, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Class method to select the most recent valid calfile for the provided raw frame from the database. select_for_reduced(cls, reduced, overscan=None, check_quality=1, check_validity=1) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta Synonym for the select_for_raw method; the implementation should be identical. Data and other attributes inherited from astro.main.ProcessTarget.ProcessTarget: PROCESS_TIME = 0 STATUS_COMPARE = 2 STATUS_INSPECT = 3 STATUS_MAKE = 0 STATUS_VERIFY = 1 Class methods inherited from common.database.DBMeta.DBMixin: get_persistent_attributes(cls) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta return a list of persistent attributes Methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: Flagged(self) Check if any flag is set return 1 for flag is set return 0 no flag after_do_make(self, switches=None) extra make statements, this method can be overridden by OnTheFly classes to implement extra make statements which will be executed after the make of self after_set_onthefly_dependencies(self, switches, advanced) this method is called after the onthefly method set_onthefly_dependencies derived classes can implement this method to customize the dependencies setting after this has been done automatically by onthefly after_uptodate_object(self, dependencies_missing, dependencies_new, dependencies_obsolete) The uptodate_object method determines if the object is uptodate, and will result in three listings :  dependencies_missing - missing mandatory dependencies  dependencies_new - new dependencies  dependencies_obsolete - current dependencies that are obsolete Derived classes can override this method to tweak the listings check_for_mandatory(self, dep_str, dep_new) check if dependency is mandatory and present dep_str is the name of the attribute, dep_new is the (attribute) object get_onthefly_dependencies(self, advanced=None) Method retrieves a list of all dependencies used for on-the-fly processing Return: [dependency, dependency class, dependency name] uptodate(self, date_time=None, template=None, switches=None, advanced=None) This method checks if the object is up-to-date, for the given datetime. OnTheFly_uptodate class has the functionality for checking uptodate Class methods inherited from astro.main.OnTheFly.OnTheFly: exist(cls, date_time=None, chip=None, filter=None, object_id=None, parent=None, parent_attr=None, template=None, extra=[], advanced=None, switches=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta for the given parameters and class return the most recent object(s), or None get_onthefly(cls, date_time=None, filter=None, chip=None, object_id=None, advanced=None, switches=None, template=None, parent=None, parent_attr=None) from common.database.DBMeta.DBObjectMeta For the given parameters and class get the object, if the object does not exist -> make it. This is done recursively for all dependencies.   The object can only be made if there are raws   class GalPhotSource     The source we want to model with Galphot     Methods defined here: __init__(self) find_neighbours(self) A GalPhotSource may have objects that are close and bright enough to influence the fit. These sources must be identified and masked or modelled as well. get_fit_region(self) Based on the source position and its size this method returns the minimum and maximum x and y values of the region in the frame. set_attributes_from_sid(self, sid, sourcelist=None) set_neighbour(self, sid) Data and other attributes defined here: required_params = ['RA', 'DEC', 'Xpos', 'Ypos', 'A', 'B', 'POSANG', 'MAG_ISO', 'FLUX_RADIUS', 'BackGr']

Functions
		boundaries(alist, value) Return the tuple (sub, sup), where sub = greatest value in "alist" <= value sup = smallest value in "alist" >= value interpolate(p1, p2, xval=None, yval=None) Linear interpolation between the points p1 and p2, which are tuples of (x,y) position. If xval is given, the corresponding yval according to the linear interpolation is given, and vice versa. sersic_deviations(p, fjac=None, x=None, y=None, err=None) This function is used in "mpfit" to fit the parameters of the Sersic profile: re (effective radius), mu (surface brightness) and N (power). It returns the deviations of the data points x, y from the Sersic profile defined by the 3 parameters in the list p.   x,y : data points (arrays of radii and surface brightness) p   : list of the parameters of the Sersic function: [re, mu, N] err : 1-sigma uncertainties in y

Data
		Env = {'astrometric_refcat': '/aw01/users/catalog/USNO-A2/', 'aw_usno_url': 'http://dbusno.astro-wise.org/', 'aweshell': 'awe', 'awvo_url': '', 'baseconf_dir': '/astro-wise/awehome/config', 'calts_server': 'calts.astro-wise.org', 'data_port': '8000', 'data_server': 'ds.astro.rug.astro-wise.org', 'database_api': 'cx_Oracle', 'database_engine': 'oracle_10g', ...} __version__ = '@(#)$Revision: 1.85 $'